Путаница получилась с этими разделами, вернее с их названиями. Тот который системный (system) на самом деле используется для загрузки, а на (boot) загрузочном располагаются файлы операционной системы.
Есть такое бесплатное удобное решение - виртуализация CentOS посредством HyperV 2008 и 2012. Такой сценарий официально поддерживается Микрософт.
Выпущены соответствующие интеграционные компоненты с инструкцией по установке. Но как всегда имеются подводные камни, которые могут попортить нервы и отобрать день-два драгоценного времени из без того короткой человеческой жизни.