Путаница получилась с этими разделами, вернее с их названиями. Тот который системный (system) на самом деле используется для загрузки, а на (boot) загрузочном располагаются файлы операционной системы.

Теперь по порядку.

Системный раздел помечен как активный (active), загрузка начинается с него. На нем также расположен каталог boot содержащий Boot Configuration Data (BCD). В BCD хранится расположение Windows Boot Manager (bootmgr), по умолчанию он находится на этом же разделе. Также в BCD указан Windows Boot Loader (winload.exe) по умолчанию находящийся уже на загрузочном разделе в \Windows\System32

Теперь о подводном камне, который поджидает пользователей. Мы не рассматриваем сложные случаи установки нескольких ОС. Самый простой, представьте себе...

Компьютер с одним жестким диском и XP, вы покупаете второй HDD и заодно решаете установить Windows 7 или даже 8, а может быть и server 2008, 2012. Первый HDD уже разбит на два раздела, а второй пока неразмечен.

Установка проходит без сучка и задоринки. Все работает отлично и ничто не предвещает беды. Новый терабайтный диск легко вмещает все накопленное и даже больше. Но, как полагают некоторые, чем больше емкость диска, тем больше вероятность возникновения ошибок на нем. А может дело в том, что производители все больше и больше экономят на производственном процессе, доводя его до границы за которой начинается откровенный брак.

В общем, новый диск начинает сбоить и его быстренько меняют по гарантии. Но после этой невинной операции Windows перестает загружаться.

Дело в том, что Windows по умолчанию избегает, чтобы системный и загрузочный разделы были объединены. Не найдя на первом, размеченном HDD свободного места для создания раздела, она создала системный раздел на втором. Для этого раздела в целях безопасности буква не назначается и обычно внимания на него не обращаешь. Пока что-нибудь не приключиться.

Для восстановления загрузки нам надо пересоздать каталог boot c BCD и bootmgr.

Загружаемся с установочного образа, выбираем режим восстановления и командную строку. Допустим загрузочным разделом содержащим каталог Windows у нас является C:

bcdboot c:\windows /s c:

Команда запишет на раздел C: bootmgr и каталог boot с BCD по умолчанию, используя установочные файлы из c:\windows

Теперь необходимо сделать раздел C: активным: diskpart -> select partition -> active

Выбираем первый HDD в BIOS как загрузочный и вперед!

P.S. Если вы посмотрите Disk management то увидите, что раздел C: стал и системным и загрузочным.